Cuando, en 1603, los consejeros de Felipe III pedían al monarca que no permitiese al papa coartar la actividad de la Inquisición portuguesa por medio de las apelaciones de los cristãos-novos estaban, en realidad, señalando los elementos del cuadro de relaciones que envuelven y configuran la historia de la institución. La monarquía, el papado, los cristãosnovos y el propio Santo Oficio se encontraban tan íntimamente imbricados que resulta imposible comprender la historia de la Inquisición sin analizar los vínculos y los factores de alianza y conflicto con los otros tres poderes. El Santo Oficio ha sido estudiado en numerosas ocasiones en función de sus relaciones con los cristãos-novos. Pero, junto a los procesos, a las visitas de distrito, a la denuncia y el castigo, a la huida, la confesión o la mentira, el análisis del conflicto debe atender a otros aspectos porque el enfrentamiento entre la Inquisición y los cristãosnovos, su lucha secular, se desarrolló no sólo en las sedes de los tribunales sino también en la corte del monarca y en la curia papal. La Inquisición era más que un mero aparato represivo. Era una institución de la monarquía y, a la vez, un tribunal eclesiástico con un poder delegado del papa. Su doble naturaleza estaba presente en cada uno de sus miembros: inquisidores que habían sido vicarios episcopales; diputados del Conselho Geral que eran, al mismo tiempo, desembargadores o inquisidores generales que ocuparon el cargo de virreyes. La Inquisición buscaba el apoyo de la monarquía; se unía a ella en la lucha contra el enemigo interno, el hereje, destructor, al mismo tiempo, de la comunidad cristiana y de la república.
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